अन्य एजेंटों को सामूहिक रूप से जैविक उपकरण कहा जाता है। जीई में उपयोग किए जाने वाले महत्वपूर्ण उपकरण हैं- प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिज़, पोलीमरेज़ एंजाइम, डीएनए लिगेज, वैक्टर, आणविक मार्कर और मेजबान जीव।
आर-डीएनए प्रौद्योगिकी में निम्नलिखित प्रक्रियाएं शामिल हैं-
(क) वांछित डीएनए का अलगाव और पृथक्करण- यह जीन क्लोनिंग का पहला चरण है जहां एक वांछित स्रोत से रुचि के डीएनए टुकड़े को विभिन्न एंजाइमों का उपयोग करके अलग किया जाता है और फिर जेल वैद्युतकणसंचलन जैसी विभिन्न तकनीकों के साथ शुद्ध किया जाता है। शुद्ध डीएनए अणुओं (स्रोत डीएनए) से, विशिष्ट प्रतिबंध एंजाइमों का उपयोग करके ‘रुचि के जीन’ वाले डीएनए के एक टुकड़े को काट दिया जाता है।
(ख) उपयुक्त वेक्टर (वाहन डीएनए) का उपयोग करके पुनः संयोजक डीएनए का निर्माण – एक विशिष्ट प्रतिबंध एंजाइम के साथ स्रोत डीएनए के साथ-साथ वेक्टर डीएनए को काटने के बाद, स्रोत डीएनए से कट आउट ‘जीन ऑफ इंटरेस्ट’ और स्पेस के साथ कट वेक्टर को एंजाइम लिगेज का उपयोग करके पुनः संयोजक डीएनए बनाने के लिए जोड़ा जाता है।
(ग) रुचि के जीन का प्रवर्धन – यह पीसीआर जैसी तकनीकों का उपयोग करके पुनः संयोजक डीएनए की कई प्रतियों का उत्पादन करने के लिए किया जाता है।
(घ) पुनः संयोजक डीएनए को मेजबान कोशिकाओं (प्राप्तकर्ता जीव) में सम्मिलित करना।
(ङ) वांछित परिवर्तन के लिए रूपांतरित कोशिकाओं की जांच करना और जीन उत्पाद के बड़े पैमाने पर उत्पादन के लिए किफायती विधि खोजना।