आनुवंशिकी में टी.एच. मॉर्गन के महत्वपूर्ण योगदानों में शामिल हैं- (i) फल मक्खियों (ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर) पर काम करते समय, थॉमस हंट मॉर्गन और उनके सहयोगियों ने सटन और बोवेरी द्वारा प्रस्तावित वंशानुक्रम के क्रोमोसोमल सिद्धांत के प्रयोगात्मक साक्ष्य प्रदान किए।
(ii) मॉर्गन और उनके सहयोगियों ने यौन प्रजनन से उत्पन्न भिन्नता के आधार की भी खोज की।
(iii) मॉर्गन ने लिंकेज की घटना की खोज की। मॉर्गन और उनके छात्र अल्फ्रेड स्टरवंत।