जब भारत की अन्य प्रमुख नदियों की तुलना में, ब्रह्मपुत्र कम प्रदूषित है, लेकिन इसकी अपनी समस्याएं हैं: पेट्रोलियम शोधन इकाइयां अन्य मध्यम और छोटे उद्योगों के साथ बेसिन में अधिकांश औद्योगिक प्रदूषण भार का योगदान करती हैं। नदी बेसिन के सामने मुख्य समस्या लगातार बाढ़ की है।